Was ist BioMCP?
BioMCP vom Genomik-Softwareunternehmen GenomOncology ist eine einzelne Kommandozeilen-Binary, die zugleich ein MCP-Server ist. Eine Befehlsgrammatik (search, get, pivot, enrich, batch) erreicht direkt 72 biomedizinische Quellen, darunter PubMed, PubTator3, Europe PMC, ClinVar, gnomAD, ClinicalTrials.gov, OncoKB, Reactome, UniProt und openFDA. Ein Agent kann von einem Gen zu dessen Varianten, Studien, Wirkstoffen und Publikationen wechseln, ohne die Abfrage für jede Datenbank neu aufzubauen, und ein lokaler study-Befehl analysiert heruntergeladene Datensätze im cBioPortal-Format.
Es ist eine Recherchehilfe, keine medizinische Beratung. Die eigene Datenschutzerklärung nennt es eine Hilfe für Forschung und Arbeitsabläufe und verlangt, alles klinisch Relevante vor der Patientenversorgung mit Primärquellen, offiziellen Fachinformationen und den Richtlinien deiner Einrichtung abzugleichen. Das Repository hat rund 670 Sterne und 119 Forks, steht unter MIT-Lizenz, ist in Rust geschrieben und erschien am 18. Oktober 2026 in Version v0.9.3.
BioMCP installieren
uv tool install biomcp-cli && biomcp serveLohnt sich BioMCP?
Die Stärke von BioMCP ist, dass es weiß, wie biomedizinische Quellen zusammenhängen. Eine Frage nach BRAF V600E liefert in einem einzigen lesenden Aufruf eine Variantenkarte mit der ClinVar-Einstufung und den gnomAD-Populationsfrequenzen, und Hilfsbefehle springen von dieser Variante zu ihren Studien, Publikationen oder Wirkstoffen. Die Artikelsuche verteilt sich auf PubTator3, Europe PMC und PubMed, entfernt doppelte PMIDs, PMCIDs und DOIs und kann Semantic Scholar hinzunehmen. JSON-Antworten enthalten die wahrscheinlich nächsten Befehle und die Quelle hinter jedem Abschnitt, was dem Agenten eine Herkunftsspur gibt, die ein Mensch prüfen kann.
Die Frage, die eine Klinikerin oder der Verantwortliche für Informationsgovernance eines Krankenhauses stellen sollte, lautet: Was verlässt den Rechner? Laut Datenschutzerklärung hat BioMCP keine Telemetrie, keine Analytik und keinen eigenen gehosteten Dienst: Jede Abfrage geht direkt von deinem Computer an die öffentlichen Anbieter, die sie beantworten, etwa NCBI, ClinicalTrials.gov oder openFDA, und diese Anbieter können sie protokollieren. Was die Tools zurückgeben, geht außerdem an den Modellanbieter hinter deinem MCP-Client. Antworten werden standardmäßig einen Tag lang lokal in einer SQLite-Datei zwischengespeichert, Zitationsbelege 30 Tage; --no-cache hinterlässt keinen verwalteten Anfragezustand. Die Richtlinie sagt, geschützte Gesundheitsdaten nicht ohne Freigabe an Drittanbieter-APIs zu senden, und das gilt hier: Eine Abfrage, die eine seltene Variante zusammen mit Alter und Wohnort eines Patienten nennt, ist identifizierend, egal welches Tool sie sendet.
Als Zweites sollte man die Lizenzseite lesen. BioMCP selbst steht unter MIT, doch für die zurückgegebenen Daten gelten die Bedingungen der jeweiligen Quelle. KEGG unterscheidet akademische und nicht akademische Nutzung, COSMIC ist nur indirekt erreichbar, und OncoKB braucht ein Token. Version 0.9.3 brachte --disable-sources commercial-restricted, das alle Quellen abschaltet, deren erfasste Bedingungen die kommerzielle Nutzung einschränken, eine sinnvolle Voreinstellung für den Einsatz im Unternehmen.
Ratenlimits gelten pro Prozess: Semantic Scholar erlaubt mit Schlüssel eine Anfrage pro Sekunde und ohne Schlüssel eine alle zwei Sekunden. Teams mit mehreren Agenten sollen einen gemeinsamen HTTP-Server nutzen, der den Host-Header prüft, aber weder Authentifizierung noch TLS hat; er gehört also hinter einen authentifizierenden Proxy. Die Release Notes sind lang und konkret, mit 52 aufgeführten Korrekturen allein in v0.9.3, was eher nach einem Projekt in voller Entwicklung als nach einem fertigen aussieht. Für Literatur- und Variantenrecherche ist es breiter als jeder allgemeine Websuche-Server; für alles, was einen Patienten erreicht, ist es ein Ausgangspunkt, den eine qualifizierte Person prüfen muss.
Wo es sich lohnt
Ein Postdoc in einem Labor für Krebsgenomik
Vor einem Labormeeting die Belege zu einer Variante sammeln
Frag nach ClinVar-Einstufung, gnomAD-Frequenz, verknüpften Publikationen und offenen Studien zur Variante und folge den Quelllinks in der JSON-Ausgabe. Das ersetzt eine Stunde Tab-Wechsel zwischen fünf Datenbanken; die Schlussfolgerungen bleiben die des Postdocs.
Eine Studienkoordinatorin an einem regionalen Krebszentrum
Rekrutierende Studien für eine Tumorart und einen Biomarker auflisten
Starte eine Studiensuche auf ClinicalTrials.gov, gefiltert auf rekrutierende Studien, und hole Einschlusskriterien und Standorte für die engere Auswahl. Suche nur nach Erkrankung und Biomarker, nie nach Patientendaten, und bestätige die Eignung bei den Studienzentren.
Ein Pharmakovigilanz-Analyst bei einem mittelgroßen Pharmaunternehmen
Signale zu unerwünschten Ereignissen aus openFDA für ein zugelassenes Medikament zusammenfassen
Frage FAERS-Zahlen und Fachinformationen über die Wirkstoff-Hilfsbefehle ab, mit gesetztem --disable-sources commercial-restricted. Ein kostenloser openFDA-Schlüssel hebt die Limits; prüfe die Bedingungen jeder Quelle, bevor Ergebnisse in ein regulatorisches Dokument gehen.
Bevor du dich festlegst
- Einrichtung
- Installiere die Binary per Installationsskript, mit uv tool install biomcp-cli (nicht das fremde Paket biomcp), über Homebrew oder als Docker-Image und registriere biomcp serve als stdio-Server. Ein Claude-Code-Plugin und ein Codex-Befehl sind dokumentiert; das README verspricht die erste Abfrage in unter 30 Sekunden.
- Integrationen
- 72 direkte Quellen zu Genen, Varianten, Artikeln, Studien, Wirkstoffen, Krankheiten, Signalwegen, Proteinen, unerwünschten Ereignissen und Pharmakogenomik. Optionale Schlüssel für NCBI, Semantic Scholar, openFDA, NCI, OncoKB, DisGeNET und AlphaGenome. Eingebaute Skill-Anleitungen lassen sich nach ~/.claude installieren.
- Daten und Datenschutz
- Nur Lesezugriff. Keine Telemetrie, keine Analytik, keine gehostete Steuerungsebene; Abfragen gehen direkt an die Quellanbieter, die sie protokollieren können, und Ergebnisse gehen an deinen Modellanbieter. Lokaler Cache in biomcp.db, standardmäßig ein Tag, Zitationsbelege 30 Tage, Dateirechte nur für den eigenen Benutzer. Die Richtlinie warnt davor, geschützte Gesundheitsdaten an Drittanbieter-APIs zu senden.
- Kosten im großen Maßstab
- Kostenlos unter MIT. Kosten entstehen durch Modell-Tokens und kommerzielle Datenlizenzen, etwa KEGG für nicht akademische Nutzung oder OncoKB für kommerzielle Arbeit; diese Preise legen die Anbieter fest, BioMCP veröffentlicht sie nicht.
- Grenzen
- Ratenlimits gelten pro Prozess, deshalb sollten parallele Agenten einen gemeinsamen serve-http-Endpunkt nutzen, der für Authentifizierung und TLS einen Proxy braucht. Referenzen aus Semantic Scholar können bei kostenpflichtigen Artikeln leer sein. Batch-Anfragen nehmen bis zu 10 IDs.
Was gut ist
- 72 Quellen hinter einer Befehlsgrammatik
- Nur Lesezugriff, ohne Telemetrie oder gehosteten Dienst
- Herkunft pro Abschnitt in der JSON-Ausgabe
- Ein Schalter deaktiviert kommerziell eingeschränkte Quellen
Was nicht
- Kein klinisches Entscheidungswerkzeug; Ausgaben brauchen fachliche Prüfung
- Abfragen und Ergebnisse erreichen die Quellanbieter und deinen Modellanbieter
- Der gemeinsame HTTP-Modus hat keine eingebaute Authentifizierung
- Mehrere wertvolle Quellen brauchen eigene Schlüssel oder Lizenzen
Am besten für
Forschende, Bioinformatiker und Teams für klinische Informatik, die von einem Agenten Belege aus Literatur, Varianten und Studien mit Quellenangabe sammeln lassen wollen.
Alternativen zu BioMCP
BioMCP: häufige Fragen
- Lohnt sich BioMCP?
- Gibt einem Agenten die öffentliche biomedizinische Literatur sowie Varianten- und Studiendatenbanken, jede Antwort mit Quelle, und was herauskommt, sind Forschungsansätze, nie klinischer Rat. Wir bewerten es mit 4.2 von 5.
- Was kostet BioMCP?
- Kostenlos und Open Source (MIT). Die meisten Quellen brauchen keinen Schlüssel; Funktionen für OncoKB, DisGeNET, NCI und AlphaGenome brauchen eigene Zugangsdaten, und einige Quellen schränken die kommerzielle Nutzung ein.
- Welche Nachteile hat BioMCP?
- Kein klinisches Entscheidungswerkzeug; Ausgaben brauchen fachliche Prüfung; Abfragen und Ergebnisse erreichen die Quellanbieter und deinen Modellanbieter; Der gemeinsame HTTP-Modus hat keine eingebaute Authentifizierung; Mehrere wertvolle Quellen brauchen eigene Schlüssel oder Lizenzen.
- Für wen eignet sich BioMCP?
- Forschende, Bioinformatiker und Teams für klinische Informatik, die von einem Agenten Belege aus Literatur, Varianten und Studien mit Quellenangabe sammeln lassen wollen.
- Was kostet BioMCP für ein Team oder im Produktivbetrieb?
- Kostenlos unter MIT. Kosten entstehen durch Modell-Tokens und kommerzielle Datenlizenzen, etwa KEGG für nicht akademische Nutzung oder OncoKB für kommerzielle Arbeit; diese Preise legen die Anbieter fest, BioMCP veröffentlicht sie nicht.
- Ist BioMCP sicher für Firmendaten?
- Nur Lesezugriff. Keine Telemetrie, keine Analytik, keine gehostete Steuerungsebene; Abfragen gehen direkt an die Quellanbieter, die sie protokollieren können, und Ergebnisse gehen an deinen Modellanbieter. Lokaler Cache in biomcp.db, standardmäßig ein Tag, Zitationsbelege 30 Tage, Dateirechte nur für den eigenen Benutzer. Die Richtlinie warnt davor, geschützte Gesundheitsdaten an Drittanbieter-APIs zu senden.
- Was sind die besten Alternativen zu BioMCP?
- Die nächsten Alternativen, die wir getestet haben, sind Zotero MCP und Exa MCP Server.
Antworten geprüft am 7. Nov. 2026.
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