BioMCPとは？
BioMCP は、ゲノミクス向けソフトウェア企業 GenomOncology による単一のコマンドラインバイナリで、MCP サーバーとしても動きます。1 つのコマンド文法（search、get、pivot、enrich、batch）で 72 の生物医学データソースに直接アクセスでき、PubMed、PubTator3、Europe PMC、ClinVar、gnomAD、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome、UniProt、openFDA などが含まれます。エージェントはデータベースごとに検索を組み直すことなく、遺伝子からその変異、臨床試験、薬剤、論文へと移れます。ローカルの study コマンドは、ダウンロードした cBioPortal 形式のデータセットを解析します。
これは研究の補助であり、医療上の助言ではありません。自身のプライバシーポリシーでも研究と業務の補助ツールと位置づけ、臨床的に重要な情報は患者の診療に使う前に一次資料、公式の添付文書、所属機関の方針と照合するよう求めています。リポジトリのスターは約 670、フォークは 119 で、MIT ライセンス、Rust 製です。2026年10月18日に v0.9.3 をリリースしました。
BioMCPのインストール方法
uv tool install biomcp-cli && biomcp serveBioMCPは使う価値があるか？
BioMCP の強みは、生物医学データソース同士の関係を把握していることです。BRAF V600E について尋ねると、ClinVar の分類と gnomAD の集団頻度を含む変異カードが読み取り専用の 1 回の呼び出しで返り、補助コマンドでその変異から臨床試験、論文、薬剤へと移れます。論文検索は PubTator3、Europe PMC、PubMed にまたがって行われ、重複する PMID、PMCID、DOI を除き、Semantic Scholar を加えることもできます。JSON の応答には次に使いそうなコマンドと各セクションの出典が入っており、人が確認できる出所の記録をエージェントに与えます。
臨床医や病院の情報ガバナンス担当者が問うべきなのは、何がマシンの外に出るかです。プライバシーポリシーによると、BioMCP にはテレメトリも分析も自前のホスト型サービスもありません。各クエリはあなたのコンピューターから、回答に必要な NCBI、ClinicalTrials.gov、openFDA などの公開プロバイダーに直接送られ、これらのプロバイダーはそれを記録する場合があります。ツールが返した内容は、MCP クライアントの背後にあるモデルプロバイダーにも届きます。応答はローカルの SQLite ファイルに既定で 1 日キャッシュされ、引用の根拠は 30 日保持されます。--no-cache を使えば管理されたリクエスト状態は残りません。ポリシーは、承認なしに保護対象の健康情報を第三者の API に送らないよう求めており、これはここでも当てはまります。まれな変異を患者の年齢や住む町と一緒に挙げたクエリは、どのツールで送っても本人を特定できてしまいます。
次に読むべきはライセンスのページです。BioMCP 自体は MIT ですが、返されるデータには各ソースの規約が適用されます。KEGG は学術利用と非学術利用を区別し、COSMIC には間接的にしかアクセスできず、OncoKB にはトークンが必要です。バージョン 0.9.3 で追加された --disable-sources commercial-restricted は、登録された規約で商用利用が制限されているソースをすべて無効にします。企業で導入する際の既定値として役立ちます。
レート制限はプロセス単位です。Semantic Scholar はキーがあれば 1 秒に 1 リクエスト、なければ 2 秒に 1 リクエストです。複数のエージェントを動かすチームには 1 台の HTTP サーバーを共有するよう案内されていますが、このサーバーは Host ヘッダーを確認するだけで認証も TLS もないため、認証付きのプロキシの背後に置く必要があります。リリースノートは長く具体的で、v0.9.3 だけで 52 件の修正が並んでおり、完成品というより開発が盛んな段階のプロジェクトだと読めます。文献と変異の調査では一般的なウェブ検索サーバーのどれよりも範囲が広い一方、患者に関わることについては、資格のある人が検証すべき出発点にとどまります。
真価を発揮する場面
がんゲノミクス研究室のポスドク
ラボミーティングの前にある変異の根拠を集める
その変異について ClinVar の意義づけ、gnomAD の頻度、関連論文、募集中の臨床試験を尋ね、JSON 出力の出典リンクをたどります。5 つのデータベースのタ ブを行き来する 1 時間分の作業が省けますが、結論を出すのはポスドク自身です。
地域のがんセンターの臨床試験コーディネーター
ある腫瘍の種類とバイオマーカーで募集中の臨床試験を一覧にする
ClinicalTrials.gov で募集中に絞って試験を検索し、候補の適格基準と実施施設を取得します。検索は疾患とバイオマーカーだけで行い、患者の情報は使わず、適格性は実施施設に確認します。
中堅製薬会社のファーマコビジランス担当アナリスト
販売中の薬剤について openFDA の有害事象シグナルをまとめる
--disable-sources commercial-restricted を設定したうえで、薬剤の補助コマンドで FAERS の件数と添付文書を取得します。無料の openFDA キーを加えると制限が緩み、結果を規制文書に使う前に各ソースの規約を確認します。
導入前に確認すること
- 導入
- インストールスクリプト、uv tool install biomcp-cli（無関係の biomcp パッケージではありません）、Homebrew、または Docker イメージでバイナリを入れ、biomcp serve を stdio サーバーとして登録します。Claude Code のプラグイ ンと Codex のコマンドが文書化されており、README は 30 秒以内の最初のクエリをうたっています。
- 連携
- 遺伝子、変異、論文、臨床試験、薬剤、疾患、パスウェイ、タンパク質、有害事象、ファーマコゲノミクスにわたる 72 の直接ソース。NCBI、Semantic Scholar、openFDA、NCI、OncoKB、DisGeNET、AlphaGenome 用の任意のキー。組み込みのスキルガイドを ~/.claude に入れられます。
- データとプライバシー
- 読み取り専用です。テレメトリ、分析、ホスト型のコントロールプレーンはありません。クエリは提供元に直接送られて記録される場合があり、結果はモデルプロバイダーに届きます。ローカルキャッシュは biomcp.db で、既定で 1 日、引用の根拠は 30 日、ファイル権限は本人のみです。ポリシーは保護対象の健康情報を第三者の API に送らないよう警告しています。
- 大規模利用時のコスト
- MIT で無料です。費用はモデルのトークンと商用データライセンスから生じます。たとえば非学術利用の KEGG や商用利用の OncoKB で、その価格は各提供元が決めており、BioMCP は公表していません。
- 制限
- レート制限はプロセス単位なので、並列のエージェントは 1 つの serve-http エンドポイントを共有すべきで、認 証と TLS にはプロキシが必要です。有料論文では Semantic Scholar の参考文献が空になることがあります。batch リクエストは最大 10 件の ID までです。
良い点
- 1 つのコマンド文法の背後に 72 のソース
- 読み取り専用で、テレメトリもホスト型サービスもない
- JSON 出力にセクションごとの出典
- 1 つの設定で商用制限のあるソースを無効化
気になる点
- 臨床判断のツールではなく、出力には専門家の確認が必要
- クエリと結果は提供元とモデルプロバイダーに届く
- 共有 HTTP モードには認証が組み込まれていない
- 価値の高いソースのいくつかは別途キーやライセンスが必要
おすすめの人
文献、変異、臨床試験の根拠を出典付きでエージェントに集めさせたい研究者、バイオインフォ マティシャン、臨床情報部門のチームに向いています。
BioMCPの代替
BioMCP：よくある質問
- BioMCPは使う価値があるか？
- 公開されている生物医学文献、変異と 臨床試験のデータベースを、すべての回答に出典を付けてエージェントに渡します。出てくるのは研究の手がかりであり、臨床上の助言ではありません。 評価は5点満点中4.2点です。
- BioMCPの料金は？
- 無料のオープンソースです（MIT）。ほとんどのソースはキー不要ですが、OncoKB、DisGeNET、NCI、AlphaGenome の機能には自分の認証情報が必要で、一部のソースは商用利用を制限しています。
- BioMCPの欠点は？
- 臨床判断のツールではなく、出力には専門家の確認が必要; クエリと結果は提供元とモデルプロバイダーに届く; 共有 HTTP モードには認証が組み込まれていない; 価値の高いソースのいくつかは別途キーやライセンスが必要.
- BioMCPは誰に向いているか？
- 文献、変異、臨床試験の根拠を出典付きでエージェントに集めさせたい研究者、バイオインフォマティシャン、臨床情報部門のチームに向いています。
- チームや本番環境でBioMCPを使うと費用はいくらか？
- MIT で無料です。費用はモデルのトークンと商用データライセンスから生じます。たとえば非学術利用の KEGG や商用利用の OncoKB で、その価格は各提供元が決めており、BioMCP は公表していません。
- BioMCPは企業データを扱っても安全か？
- 読み取り専用です。テレメトリ、分析、ホ スト型のコントロールプレーンはありません。クエリは提供元に直接送られて記録される場合があり、結果はモデルプロバイダーに届きます。ローカルキャッシュは biomcp.db で、既定で 1 日、引用の根拠は 30 日、ファイル権限は本人のみです。ポリシーは保護対象の健康情報を第三者の API に送らないよう警告しています。
- BioMCPの代わりになるものは？
- 当サイトでレビューした中で最も近い代替はZotero MCP 、 Exa MCP Serverです。
回答確認日：2026年11月7日
BioMCPの開発元の方へ：この評価をサイトに掲載できます
