¿Qué es BioMCP?
BioMCP, de la empresa de software genómico GenomOncology, es un único binario de línea de comandos que también funciona como servidor MCP. Una sola gramática de comandos (search, get, pivot, enrich, batch) llega directamente a 72 fuentes biomédicas, entre ellas PubMed, PubTator3, Europe PMC, ClinVar, gnomAD, ClinicalTrials.gov, OncoKB, Reactome, UniProt y openFDA. Un agente puede pasar de un gen a sus variantes, ensayos, fármacos y artículos sin rehacer la consulta para cada base de datos, y un comando local study analiza conjuntos de datos descargados al estilo de cBioPortal.
Es una ayuda para la investigación, no consejo médico. Su propia política de privacidad lo describe como una ayuda para la investigación y el flujo de trabajo, y pide validar cualquier dato clínicamente relevante frente a fuentes primarias, fichas técnicas oficiales y las políticas de tu institución antes de usarlo en la atención a pacientes. El repositorio tiene unas 670 estrellas y 119 forks, usa licencia MIT, está escrito en Rust y publicó la v0.9.3 el 18 de octubre de 2026.
Cómo instalar BioMCP
uv tool install biomcp-cli && biomcp serve¿Merece la pena BioMCP?
La fuerza de BioMCP es que sabe cómo se relacionan las fuentes biomédicas entre sí. Preguntar por BRAF V600E devuelve una ficha de la variante con la clasificación de ClinVar y las frecuencias poblacionales de gnomAD en una sola llamada de solo lectura, y los comandos auxiliares saltan de esa variante a sus ensayos, artículos o fármacos. La búsqueda de artículos se reparte entre PubTator3, Europe PMC y PubMed, elimina PMID, PMCID y DOI duplicados y puede añadir Semantic Scholar. Las respuestas JSON incluyen los siguientes comandos probables y la fuente de cada sección, lo que da al agente un rastro de procedencia que una persona puede comprobar.
La pregunta que debe hacerse un clínico o el responsable de gobernanza de la información de un hospital es qué sale de la máquina. Según la política de privacidad, BioMCP no tiene telemetría, ni analítica, ni servicio alojado propio: cada consulta va directamente de tu ordenador a los proveedores públicos necesarios para responderla, como NCBI, ClinicalTrials.gov u openFDA, y esos proveedores pueden registrarla. Lo que devuelven las herramientas también llega al proveedor del modelo que hay detrás de tu cliente MCP. Las respuestas se guardan en caché local en un archivo SQLite durante un día por defecto, y la evidencia de citas se conserva 30 días; --no-cache no deja ningún estado de petición gestionado. La política pide no enviar información sanitaria protegida a API de terceros sin aprobación, y eso se aplica aquí: una consulta que nombra una variante rara junto con la edad y la localidad de un paciente lo identifica, sea cual sea la herramienta que la envíe.
Lo segundo que hay que leer es la página de licencias. BioMCP en sí es MIT, pero los datos que devuelve se rigen por los términos de cada fuente. KEGG distingue entre uso académico y no académico, COSMIC solo se alcanza de forma indirecta y OncoKB necesita un token. La versión 0.9.3 añadió --disable-sources commercial-restricted, que desactiva todas las fuentes cuyos términos registrados restringen el uso comercial, un buen ajuste por defecto para un despliegue en una empresa.
Los límites de velocidad son por proceso: Semantic Scholar permite una petición por segundo con clave y una cada dos segundos sin ella. A los equipos que ejecutan varios agentes se les indica que compartan un único servidor HTTP, que comprueba la cabecera Host pero no tiene autenticación ni TLS, así que debe ir detrás de un proxy autenticado. Las notas de versión son largas y concretas, con 52 correcciones listadas solo en la v0.9.3, lo que indica un proyecto en pleno desarrollo más que uno terminado. Para investigar literatura y variantes es más amplio que cualquier servidor de búsqueda web general; para cualquier cosa que llegue a un paciente es un punto de partida que una persona cualificada debe verificar.
Dónde se gana su sitio
Un investigador posdoctoral en un laboratorio de genómica del cáncer
Reunir la evidencia sobre una variante antes de una reunión del laboratorio
Pide la significación en ClinVar, la frecuencia en gnomAD, los artículos vinculados y los ensayos abiertos para la variante, y sigue los enlaces de origen de la salida JSON. Sustituye una hora de saltar entre pestañas de cinco bases de datos; las conclusiones siguen siendo del investigador.
Una coordinadora de ensayos clínicos en un centro oncológico regional
Listar los ensayos que reclutan para un tipo de tumor y un biomarcador
Haz una búsqueda de ensayos en ClinicalTrials.gov filtrada a los que reclutan y luego obtén los criterios de elegibilidad y las ubicaciones de la lista corta. Busca solo por enfermedad y biomarcador, nunca por datos del paciente, y confirma la elegibilidad con los centros del ensayo.
Un analista de farmacovigilancia en una farmacéutica mediana
Resumir las señales de eventos adversos de openFDA para un fármaco comercializado
Consulta los recuentos de FAERS y las fichas técnicas con los comandos auxiliares de fármacos y con --disable-sources commercial-restricted activado. Añade una clave gratuita de openFDA para tener límites más altos y revisa los términos de cada fuente antes de que los resultados entren en un documento regulatorio.
Antes de decidirte
- Puesta en marcha
- Instala el binario con el script de instalación, uv tool install biomcp-cli (no el paquete biomcp, que no tiene relación), Homebrew o la imagen Docker, y registra biomcp serve como servidor stdio. Hay un plugin para Claude Code y un comando para Codex documentados; el README promete una primera consulta en menos de 30 segundos.
- Integraciones
- 72 fuentes directas sobre genes, variantes, artículos, ensayos, fármacos, enfermedades, rutas, proteínas, eventos adversos y farmacogenómica. Claves opcionales para NCBI, Semantic Scholar, openFDA, NCI, OncoKB, DisGeNET y AlphaGenome. Las guías de skills integradas se instalan en ~/.claude.
- Datos y privacidad
- Solo lectura. Sin telemetría, analítica ni plano de control alojado; las consultas van directamente a los proveedores de origen, que pueden registrarlas, y los resultados van a tu proveedor de modelo. Caché local en biomcp.db, un día por defecto y 30 días para la evidencia de citas, con permisos de archivo solo para el usuario. La política advierte contra enviar información sanitaria protegida a API de terceros.
- Coste a escala
- Gratuito bajo MIT. Los costes vienen de los tokens del modelo y de las licencias comerciales de datos, por ejemplo KEGG para uso no académico u OncoKB para trabajo comercial; esos precios los fijan los proveedores y BioMCP no los publica.
- Límites
- Los límites de velocidad son por proceso, así que los agentes en paralelo deben compartir un único endpoint serve-http, que necesita un proxy para autenticación y TLS. Las referencias de Semantic Scholar pueden salir vacías en artículos de pago. Las peticiones batch admiten hasta 10 ID.
Lo bueno
- 72 fuentes detrás de una sola gramática de comandos
- Solo lectura, sin telemetría ni servicio alojado
- Procedencia por sección en la salida JSON
- Un solo ajuste desactiva las fuentes con restricción comercial
Lo malo
- No es una herramienta de decisión clínica; la salida necesita revisión experta
- Las consultas y los resultados llegan a los proveedores de origen y a tu proveedor de modelo
- El modo HTTP compartido no tiene autenticación integrada
- Varias fuentes valiosas necesitan claves o licencias aparte
Ideal para
Investigadores, bioinformáticos y equipos de informática clínica que quieren que un agente reúna evidencia de literatura, variantes y ensayos con las fuentes adjuntas.
Alternativas a BioMCP
BioMCP: preguntas frecuentes
- ¿Merece la pena BioMCP?
- Da a un agente la literatura biomédica pública y las bases de datos de variantes y ensayos con cada respuesta citada, y lo que devuelve son pistas de investigación, nunca consejo clínico. Le damos un 4.2 sobre 5.
- ¿Cuánto cuesta BioMCP?
- Gratuito y de código abierto (MIT). La mayoría de las fuentes no necesitan clave; las funciones de OncoKB, DisGeNET, NCI y AlphaGenome requieren tus propias credenciales, y algunas fuentes restringen el uso comercial.
- ¿Qué inconvenientes tiene BioMCP?
- No es una herramienta de decisión clínica; la salida necesita revisión experta; las consultas y los resultados llegan a los proveedores de origen y a tu proveedor de modelo; el modo HTTP compartido no tiene autenticación integrada; varias fuentes valiosas necesitan claves o licencias aparte.
- ¿Para quién es BioMCP?
- Investigadores, bioinformáticos y equipos de informática clínica que quieren que un agente reúna evidencia de literatura, variantes y ensayos con las fuentes adjuntas.
- ¿Cuánto cuesta BioMCP para un equipo o en producción?
- Gratuito bajo MIT. Los costes vienen de los tokens del modelo y de las licencias comerciales de datos, por ejemplo KEGG para uso no académico u OncoKB para trabajo comercial; esos precios los fijan los proveedores y BioMCP no los publica.
- ¿Es BioMCP seguro para los datos de la empresa?
- Solo lectura. Sin telemetría, analítica ni plano de control alojado; las consultas van directamente a los proveedores de origen, que pueden registrarlas, y los resultados van a tu proveedor de modelo. Caché local en biomcp.db, un día por defecto y 30 días para la evidencia de citas, con permisos de archivo solo para el usuario. La política advierte contra enviar información sanitaria protegida a API de terceros.
- ¿Cuáles son las mejores alternativas a BioMCP?
- Las alternativas más cercanas que hemos analizado son Zotero MCP y Exa MCP Server.
Respuestas comprobadas el 7 nov 2026.
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