Qu’est-ce que BioMCP ?
BioMCP, de l'éditeur de logiciels de génomique GenomOncology, est un binaire unique en ligne de commande qui sert aussi de serveur MCP. Une seule grammaire de commandes (search, get, pivot, enrich, batch) atteint directement 72 sources biomédicales, dont PubMed, PubTator3, Europe PMC, ClinVar, gnomAD, ClinicalTrials.gov, OncoKB, Reactome, UniProt et openFDA. Un agent peut passer d'un gène à ses variants, essais, médicaments et articles sans reconstruire la requête pour chaque base, et une commande locale study analyse des jeux de données téléchargés au format cBioPortal.
C'est une aide à la recherche, pas un avis médical. Sa propre politique de confidentialité le décrit comme une aide à la recherche et aux flux de travail, et demande de valider toute information cliniquement pertinente auprès des sources primaires, des notices officielles et des règles de votre établissement avant toute prise en charge de patients. Le dépôt compte environ 670 étoiles et 119 forks, est sous licence MIT, écrit en Rust, et a publié la v0.9.3 le 18 octobre 2026.
Installer BioMCP
uv tool install biomcp-cli && biomcp serveBioMCP vaut-il le coup ?
La force de BioMCP est de savoir comment les sources biomédicales se relient entre elles. Une question sur BRAF V600E renvoie, en un seul appel en lecture seule, une fiche de variant avec la classification ClinVar et les fréquences de population gnomAD, et des commandes auxiliaires passent de ce variant à ses essais, articles ou médicaments. La recherche d'articles interroge PubTator3, Europe PMC et PubMed, supprime les PMID, PMCID et DOI en double et peut ajouter Semantic Scholar. Les réponses JSON indiquent les prochaines commandes probables et la source de chaque section, ce qui donne à l'agent une traçabilité qu'une personne peut vérifier.
La question qu'un clinicien ou le responsable de la gouvernance de l'information d'un hôpital doit poser est ce qui quitte la machine. Selon la politique de confidentialité, BioMCP n'a ni télémétrie, ni analytique, ni service hébergé propre : chaque requête part directement de votre ordinateur vers les fournisseurs publics nécessaires pour y répondre, comme NCBI, ClinicalTrials.gov ou openFDA, et ces fournisseurs peuvent la journaliser. Ce que renvoient les outils part aussi chez le fournisseur du modèle derrière votre client MCP. Les réponses sont mises en cache localement dans un fichier SQLite pendant un jour par défaut, et les preuves de citation sont conservées 30 jours ; --no-cache ne laisse aucun état de requête géré. La politique demande de ne pas envoyer d'informations de santé protégées à des API tierces sans autorisation, et cela vaut ici : une requête qui cite un variant rare avec l'âge et la ville d'un patient l'identifie, quel que soit l'outil qui l'envoie.
La deuxième chose à lire est la page des licences. BioMCP lui-même est sous MIT, mais les données qu'il renvoie relèvent des conditions de chaque source. KEGG distingue usage académique et non académique, COSMIC n'est accessible qu'indirectement, et OncoKB exige un jeton. La version 0.9.3 a ajouté --disable-sources commercial-restricted, qui coupe toutes les sources dont les conditions enregistrées restreignent l'usage commercial, un réglage par défaut utile pour un déploiement en entreprise.
Les limites de débit s'appliquent par processus : Semantic Scholar autorise une requête par seconde avec une clé et une toutes les deux secondes sans. Les équipes qui font tourner plusieurs agents sont invitées à partager un seul serveur HTTP, qui vérifie l'en-tête Host mais n'a ni authentification ni TLS ; il doit donc se placer derrière un proxy authentifié. Les notes de version sont longues et précises, avec 52 corrections listées pour la seule v0.9.3, ce qui évoque un projet en plein développement plutôt qu'un produit fini. Pour la recherche de littérature et de variants, il couvre plus large que n'importe quel serveur de recherche web généraliste ; pour tout ce qui touche un patient, c'est un point de départ qu'une personne qualifiée doit vérifier.
Là où il fait la différence
Un postdoctorant dans un laboratoire de génomique du cancer
Rassembler les éléments sur un variant avant une réunion d'équipe
Demandez la signification ClinVar, la fréquence gnomAD, les articles liés et les essais ouverts pour le variant, puis suivez les liens de source dans la sortie JSON. Cela remplace une heure de navigation entre cinq bases ; les conclusions restent celles du postdoctorant.
Une coordinatrice d'essais cliniques dans un centre régional de lutte contre le cancer
Lister les essais qui recrutent pour un type de tumeur et un biomarqueur
Lancez une recherche d'essais sur ClinicalTrials.gov filtrée sur le recrutement, puis récupérez critères d'éligibilité et sites pour la présélection. Cherchez uniquement par maladie et biomarqueur, jamais avec des données de patient, et confirmez l'éligibilité auprès des centres.
Un analyste en pharmacovigilance dans un laboratoire pharmaceutique de taille moyenne
Résumer les signaux d'événements indésirables openFDA pour un médicament commercialisé
Interrogez les décomptes FAERS et les notices via les commandes médicament avec --disable-sources commercial-restricted activé. Ajoutez une clé openFDA gratuite pour des limites plus hautes et vérifiez les conditions de chaque source avant que les résultats n'entrent dans un document réglementaire.
Avant de vous engager
- Mise en route
- Installez le binaire avec le script d'installation, uv tool install biomcp-cli (et non le paquet biomcp, sans rapport), Homebrew ou l'image Docker, puis déclarez biomcp serve comme serveur stdio. Un plugin Claude Code et une commande Codex sont documentés ; le README promet une première requête en moins de 30 secondes.
- Intégrations
- 72 sources directes sur les gènes, variants, articles, essais, médicaments, maladies, voies, protéines, événements indésirables et pharmacogénomique. Clés facultatives pour NCBI, Semantic Scholar, openFDA, NCI, OncoKB, DisGeNET et AlphaGenome. Des guides de skills intégrés s'installent dans ~/.claude.
- Données et confidentialité
- Lecture seule. Ni télémétrie, ni analytique, ni plan de contrôle hébergé ; les requêtes vont directement aux fournisseurs sources, qui peuvent les journaliser, et les résultats vont à votre fournisseur de modèle. Cache local dans biomcp.db, un jour par défaut, 30 jours pour les preuves de citation, permissions réservées à l'utilisateur. La politique déconseille d'envoyer des informations de santé protégées à des API tierces.
- Coût à grande échelle
- Gratuit sous MIT. Les coûts viennent des jetons du modèle et des licences de données commerciales, par exemple KEGG pour un usage non académique ou OncoKB pour un usage commercial ; ces prix sont fixés par les fournisseurs et non publiés par BioMCP.
- Limites
- Les limites de débit sont par processus : des agents en parallèle doivent partager un seul point d'accès serve-http, qui demande un proxy pour l'authentification et le TLS. Les références Semantic Scholar peuvent être vides pour les articles payants. Les requêtes batch acceptent jusqu'à 10 identifiants.
Les points forts
- 72 sources derrière une seule grammaire de commandes
- Lecture seule, sans télémétrie ni service hébergé
- Provenance par section dans la sortie JSON
- Un seul réglage coupe les sources à usage commercial restreint
Les points faibles
- Pas un outil de décision clinique ; la sortie exige une vérification experte
- Requêtes et résultats parviennent aux fournisseurs sources et à votre fournisseur de modèle
- Le mode HTTP partagé n'a pas d'authentification intégrée
- Plusieurs sources précieuses exigent des clés ou licences distinctes
Idéal pour
Chercheurs, bio-informaticiens et équipes d'informatique clinique qui veulent qu'un agent rassemble des éléments de littérature, de variants et d'essais avec leurs sources.
Alternatives à BioMCP
BioMCP : questions fréquentes
- BioMCP vaut-il le coup ?
- Donne à un agent la littérature biomédicale publique et les bases de variants et d'essais, chaque réponse sourcée, et ce qu'il produit, ce sont des pistes de recherche, jamais un avis clinique. Nous lui donnons 4.2 sur 5.
- Combien coûte BioMCP ?
- Gratuit et open source (MIT). La plupart des sources ne demandent pas de clé ; les fonctions OncoKB, DisGeNET, NCI et AlphaGenome exigent vos propres identifiants, et certaines sources restreignent l'usage commercial.
- Quels sont les inconvénients de BioMCP ?
- Pas un outil de décision clinique ; la sortie exige une vérification experte; requêtes et résultats parviennent aux fournisseurs sources et à votre fournisseur de modèle; le mode HTTP partagé n'a pas d'authentification intégrée; plusieurs sources précieuses exigent des clés ou licences distinctes.
- À qui s’adresse BioMCP ?
- Chercheurs, bio-informaticiens et équipes d'informatique clinique qui veulent qu'un agent rassemble des éléments de littérature, de variants et d'essais avec leurs sources.
- Combien coûte BioMCP pour une équipe ou en production ?
- Gratuit sous MIT. Les coûts viennent des jetons du modèle et des licences de données commerciales, par exemple KEGG pour un usage non académique ou OncoKB pour un usage commercial ; ces prix sont fixés par les fournisseurs et non publiés par BioMCP.
- BioMCP est-il sûr pour les données de l’entreprise ?
- Lecture seule. Ni télémétrie, ni analytique, ni plan de contrôle hébergé ; les requêtes vont directement aux fournisseurs sources, qui peuvent les journaliser, et les résultats vont à votre fournisseur de modèle. Cache local dans biomcp.db, un jour par défaut, 30 jours pour les preuves de citation, permissions réservées à l'utilisateur. La politique déconseille d'envoyer des informations de santé protégées à des API tierces.
- Quelles sont les meilleures alternatives à BioMCP ?
- Les alternatives les plus proches que nous avons testées sont Zotero MCP et Exa MCP Server.
Réponses vérifiées le 7 nov. 2026.
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