Anthropic社内の生物学研究室が、原核細胞由来のボールト粒子の3D構造を初めて公表しました。多くの読者にとってより役立つのは、その研究の進め方です。ボールトは、粘菌からヒトまで生命の系統樹のほぼ全体に見られる大きな中空のタンパク質の樽で、何のためにあるのかは確認されていません。チームによると、配列データベースの検索から顕微鏡データの処理まで、すべての段階にClaudeが組み込まれ、数週間かかる作業が数日に縮まりました。
この粒子は、細菌に感染するウイルスであるバクテリオファージが作るタンパク質に由来します。クライオ電子顕微鏡を使い、チームは殻が1種類のタンパク質の96個のコピーで組み立てられていることを確認しました。片側に48個ずつで、ヒトのボールトは78個です。重さは約9.5メガダルトンで、Anthropicによれば原核生物で見つかったタンパク質の殻としては最大級です。壁は哺乳類のボールトの9つではなく7つの繰り返し単位でできており、ふたは3段階で閉じ、同じタンパク質の隣り合うコピーが頂部で異なる形をとります。
続いてチームは、主に隣り合うコピーが接する部分を中心に、タンパク質を15通りに改変しました。ふたの近くの単一の変更だけで殻が閉じなくなり、開いたロゼット状の粒子が残った例もありました。壁の単位を2つ追加してヒトと同じ9つにすると、内部の体積が約20%大きいボールトができました。これはボールトが進化の過程で大きさを変えてきた道筋の一つを示唆しており、酵素を運ぶタンパ ク質ナノカプセルを研究する人々が注目する理由にもなります。
速さについての主張は具体的です。Anthropicによると、ボールトの精製は通常3日かかるところ今回は約90分で済み、最初の構造モデルはその34時間後にできました。手作業なら数週間と見積もられていました。Claudeは研究者の指示のもとで、タンパク質データベースを検索し、DNAコンストラクトを設計し、単離方法を調整し、顕微鏡データを処理しました。これは同じ研究室がClaudeで酵素系を見つけたという以前の報告に続くもので、Claudeがチャットボットではなく実験室生物学の作業ツールとして使われた、これまでで最も明確な公開事例です。
限界も重要です。成果はbioRxivに提出されたプレプリントで、査読を経ていません。構造データや追加データは公開予定とされていますがまだ公開されておらず、速さの数字はAnthropic自身の見積もりです。ボールトが実際に何をしているのかという中心的な問いは未解決のままで、チームに助言したボールト研究者のRome博士は、その機能の解明は非常に難しいと述べています。研究用途でClaudeを検討する人は、これを独立したベンチマークではなく、開発元による有力な事例研究として受け止めるべきです。