Le laboratoire de biologie interne d’Anthropic a publié la première structure 3D d’une particule vault issue d’une cellule procaryote, et pour la plupart des lecteurs, l’information la plus utile est la façon dont le travail a été mené. Les vaults sont de grands tonneaux creux de protéines présents dans presque tout l’arbre du vivant, des moisissures visqueuses aux humains, et personne n’a confirmé à quoi ils servent. L’équipe explique que Claude a été intégré à chaque étape, de la recherche dans les bases de données de séquences au traitement des données de microscopie, ce qui a ramené des semaines de travail à quelques jours.
La particule provient d’une protéine fabriquée par un bactériophage, un virus qui infecte les bactéries. Grâce à la cryomicroscopie électronique, l’équipe a constaté que la coque est assemblée à partir de 96 copies d’une seule protéine, 48 dans chaque moitié, alors que le vault humain en utilise 78. Elle pèse environ 9.5 mégadaltons, ce qui la place selon Anthropic parmi les plus grandes coques protéiques identifiées chez les procaryotes. Sa paroi se compose de sept segments répétés au lieu des neuf des vaults de mammifères, et ses capuchons se ferment en trois paliers, des copies voisines de la même protéine prenant des formes différentes au sommet.
L’équipe a ensuite modifié la protéine de 15 façons, surtout aux points de contact entre copies voisines. Certaines modifications uniques près du capuchon ont empêché la coque de se fermer et laissé des particules ouvertes en forme de rosette. L’ajout de deux segments de paroi, pour atteindre les neuf de la version humaine, a produit des vaults plus grands avec environ 20% de volume intérieur en plus. Cela suggère une manière dont les vaults ont pu changer de taille au cours de l’évolution, et explique l’intérêt possible des chercheurs qui travaillent sur des nanocapsules protéiques pour transporter des enzymes.
L’affirmation sur la vitesse est précise. Selon Anthropic, purifier des vaults prend en général trois jours et a pris ici environ 90 minutes, et le premier modèle structural était prêt 34 heures plus tard, contre quelques semaines estimées à la main. Claude, sous la direction des scientifiques, a interrogé des bases de données de protéines, conçu des constructions d’ADN, ajusté la méthode d’isolement et traité les données de microscopie. Cela fait suite au précédent rapport du même laboratoire sur un système enzymatique découvert avec Claude, et c’est l’exemple public le plus net à ce jour de Claude utilisé comme outil de travail en biologie de paillasse plutôt que comme chatbot.
Les limites comptent. Les résultats figurent dans un preprint soumis à bioRxiv et n’ont pas été évalués par des pairs, les structures et les données supplémentaires sont annoncées mais pas encore publiées, et les chiffres de vitesse sont les estimations d’Anthropic. La question centrale, ce que font réellement les vaults, reste ouverte ; le Dr Rome, spécialiste des vaults qui a conseillé l’équipe, juge extrêmement difficile de comprendre leur fonction. Ceux qui évaluent Claude pour la recherche devraient y voir une étude de cas solide de son fabricant, pas un test indépendant.